Nel 1250 morì a Spoleto, presso il piccolo convento francescano di Sant’Elia, frate Simone da Collazzone, circondato dalla pubblica venerazione. Il Comune ottenne da Papa Innocenzo IV il processo di canonizzazione e nel 1254 i frati minori iniziarono la costruzione di un nuovo grande convento e di una nuova chiesa, eretta in onore del loro confratello ma liturgicamente intitolata a San Simone Apostolo, dato che il processo di canonizzazione non fu mai concluso.
I nuovi edifici furono compiuti circa nel 1280 e furono interessati nei secoli successivi da diversi restauri; uscirono indenni dalla prima soppressione napoleonica, ma subirono una vera e propria devastazione dopo l’unità d’Italia, essendo adibiti a caserma nel 1863. Della chiesa fu alterato pesantemente l’interno, mentre del convento furono coperti gli affreschi seicenteschi del chiostro. Nel 1893 l’intero complesso fu adibito a Convitto per orfani degli impiegati dello Stato.
Oggi è possibile ammirare l’imponente facciata della chiesa, che presenta le caratteristiche del gotico locale, ancora influenzato dal romanico, mentre l’interno versa ancora in un pessimo stato conservativo causato dalle pesanti alterazioni ottocentesche.
L’Umbria, Manuali per il Territorio, Spoleto, Roma 1978